"Giáo sư, Viện sĩ Nguyễn Khánh Toàn là linh hồn của cải cách giáo dục lần thứ nhất (1950) và cải cách giáo dục lần thứ hai (1960)..., kiến trúc sư những thắng lợi trong giai đoạn đầu của sự nghiệp giáo dục cách mạng ở nước ta". (Nhận xét của Giáo sư Nguyễn Cảnh Toàn).
Theo Giáo sư, Viện sĩ Nguyễn Duy Quý: "Phương pháp luận nghiên cứu mác xít của Giáo sư, Viện sĩ Nguyễn Khánh Toàn đã trở thành một mẫu mực để các nhà nghiên cứu khoa học xã hội - nhân văn ở nước ta thuộc các thế hệ học tập, noi theo".
Giáo sư Nguyễn Khánh Toàn là một trong những người đầu tiên đề xuất nghiên cứu Tư tưởng Hồ Chí Minh.[2]
Nói, viết thông thạo các thứ tiếng Pháp, Nga, Anh, Trung, GS. Nguyễn Khánh Toàn là một tấm gương sáng cho cán bộ khoa học trong việc học tập ngoại ngữ và sử dụng ngoại ngữ như một điều kiện thiết yếu để mở rộng tầm hiểu biết trong nghiên cứu khoa học.
